产品介绍:
最短的时间内获得答案,智能化的工作流程,广泛的测序应用范围
Illumina公司推出的MiSeq是目前唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行能产生超过1 Gb的数据,且占地面积仅为2平方英尺。MiSeq有着革命性的流程和无可比拟的准确性,这让它成为快速且经济高效的遗传分析的理想平台,适合广泛的应用。同时根据Illumina的最新消息,今年9月份左右,MiSeq系统的测序通量将会升级至7G左右。升级将通过两个方面完成,一个是cluster密度的增大,升级后cluster密度将会增加至12-15million,而pair-end读取的reads数目将会增加至24-30million;另一方面是通过测序读长而提升通量,届时测序读长会达到2*250bp,同时测序速度也会有所提升。目前,Broad研究院已经利用现有试剂实现了单端测序300bp读长,Illumina目前内部测序更是完成了2*400bp的pair-end测序。而这些,都是保证在高质量数据结果的前提下完成的。
MiSeq性能参数
1.技术规格
▲1.1高数据通量:每轮反应最高可生成15G的有效数据;通量可以根据不同要求调整;
1.2每次运行可生成可读2500万个测序片段标签序列;
1.3每轮实验运行成本:测序150亿(15G)个碱基对所需成本不高于2000美元;成本包含了从样本前期建库-克隆扩增-测序-数据分析的所有成本;
▲1.4有效数据读长:单端读取序列,读长可达300个碱基;双端读取序列:读长可达2x300个碱基 。读长可根据不同的应用而调整;
▲ 1.5 拼接前原始数据质量评判采用的测序质量标准为Q30,并且高于Q30的碱基比例是整个运行的平均结果;
▲1.6实验流程:样本文库制备只需要90分钟。之后在同一系统中直接开展自动克隆扩增-测序-数据分析。整个过程不需要繁琐的emulsion 实验,人工干预的时间少于1小时;
▲1.7无需单独的扩增设备,所有样本的克隆扩增, 测序到数据分析都在同一台仪器中自动完成,无需人工干预;
1.8 多重扩增子测序的每次反应最多可同时检测384个样本,每个样本可同时分析1536条产物。可根据不同实验需要选择样本通量;
1.9 厂家能够提供商品化的应用试剂供用户日常选择使用,比如:
检测自闭症的试剂;
检测靶向主要是针对生殖细胞存在的与肿瘤相关基因的试剂;
检测遗传性疾病的试剂,能够重点关注婴幼儿早期严重的、隐形遗传病;
1.10 仪器具备以下软件分析功能:
• 全基因组重测序
• 定向重测序,包括但不限于下列方法:
o TruSeq 自定义捕获
o TruSeq 自定义扩增子测序
o 长距离片段
o 分子倒置探针
• De novo 测序
• 序列特异DNA结合蛋白的ChIP-Seq
• 组蛋白修饰和表观遗传标记的ChIP-Seq
• 亚硫酸氢盐处理DNA的测序,DNA甲基化研究
• 宏基因组学研究
• mRNA测序
• 基于标签的基因表达
• 小RNA测序
• 核糖体图谱分析
• DNase I 超敏位点定位研究
• 核小体定位和染色质结构研究研究
• CLiP-Seq:研究序列特异的蛋白-RNA相互作用研究
• CNV-Seq:用测序测定拷贝数变异研究
• GRO-Seq:研究RNA聚合酶起始研究
• 降解DNA样品的测序
• 末端配对mRNA测序
• DNA印迹和等位基因特异的表达
2配置要求
2.1能符合上述指标的测序系统主机1套,包括了样本文库自动扩增和数据分析功能;仪器控制服务器配置:Intel Core i7-2710GE 2.10GHz CPU,16GB RAM,750G硬盘,采用Win7 Embedded Standard操作系统;
2.2 96孔磁力架
2.3 核酸蛋白定量仪Qubit
2.4配套控制软件;
2.5 配套分析报告软件:开展完整的数据分析无需用户干预,从质量打分的碱基检出到变异体检出和比对所需时间小于4小时;
2.6 相关仪器调试用试剂;
2.7 必需的附件、配件及专用工具等;
3.技术文件
3.1仪器操作使用手册;
3.2仪器维护的有关资料;
工作流程
4大特性
1、最短的实验周期:从样品制备开始只需要8小时即可得到超过100M的高质量测序结果。
2、最便捷的样品制备流程:只需50ngDNA模板,2小时的自动化操作就可以完成全部样品制备工作。
3、最精确的测序原理:MiSeq继续GA和HiSeq平台的边合成边测序的化学原理,数千篇高质量的国际期刊文章是对Illumina NGS平台测序结果可信度最有力的证明。
4、最完整的整合功能:MiSeq可以独立完成簇生成,双向测序及数据分析工作,让经费和实验室空间不再成为NGS研究的障碍。
应用范围
1、转录组测序
派森诺MiSeq测序平台是基因组已测序物种的转录组分析最佳平台。公司技术团队目前已完成了包括斑马鱼在内的多种植物、动物的转录组测序及分析。
2、宏基因组16S rDNA单V区测序
对16s rDNA的单V区(V3\V4)进行高通量测序,鉴定细菌群和古生菌群。派森诺的技术团队使用Illumina MiSeq测序16S rDNA V4区并结合Roche 454 FLX+测序16S rDNA V1~V3区成功的对鸡的肠道环境细菌进行了鉴定。
3、Small RNA测序
1*35bp的读长完美地配合了小RNA的测序长度,速度快,灵敏度高。派森诺的技术团队目前已完成了鹅的小RNA测序和多种中草药的小RNA测序。
4、重测序:
包括全基因组重测序、简化基因组测序、外显子测序。
Illumina MiSeq非常适用于对微生物基因组的重测序,每次运行即可完成一个微生物基因组测序。2011年12月27日,派森诺的技术团队利用MiSeq一次运行同时完成了乳酸菌
(Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8)的重测序,基因组覆盖深度为分别为404倍和213倍,比对至参考序列,基因组覆盖率为100%,同时检测到了多种结构变异,包括插入、缺失和SNP位点,并且检测到了全部质粒。